Hazreti Hacegi Emkeneki kuddise sırruhu, Derviş Muhammed Semerkandî hazretlerinin oğludur. Rivayete göre Hicri 918 - Miladi 1512 yılında Buhara'nın Emkene köyünde doğmuştur. Bu yüzden kendisine Emkeneki (Emkeneli) denmiştir.

Kaynaklarda yer alan ismi Hace Muhammed Abdülbaki Emkeneki hazretleri şeklindedir. Hace, Hacegan Tarikatı ve Nakşibendî Tarikatı mürşid-i kamillerine verilen bir unvandır. “Büyük alim – hoca” anlamına gelir. Hacegi Emkeneki kuddise sırruhûnun tasavvuf yolunun henüz başlarındayken bile babası Derviş Muhammed Semerkandi kuddise sırrıhûnun dikkatini çektiği nakledilir. Seyrüsülukunu babasının himayesinde tamamlamış ve babasından irşad yetkisi alarak halife olmuştur.

Babasının vefatından sonra mürşid-i kamillik vazifesini yerine getirmiştir. Kamil - mükemmil bir zat olarak müritlerini terbiye etmiştir. Hace Muhammed Abdülbaki Emkeneki hazretleri, devrin alimlerinden öğrendiği zahiri ilimleri, babası Derviş Muhammed Semerkandî kuddise sırruhûdan aldığı manevi terbiye ile ikmal etti, ilmi ve irfanı birleştirdi. Bu sayede faziletlerle donatıldı. Yüce mertebelere ulaştı, yüksek makamlara erişti. Allah Teâlâ ona rahmet deryasından ikramlarda bulundu. Devrinin gönüller sultanı oldu. İmamı Rabbani kuddise sırruhûnun mürşid-i kamili olan Muhammed Bakibillah kuddise sırruhûyu yetiştirdi. Feyzi Maveraünnehir’den Hindistan'a uzanacak ve oradan tüm cihana yayılacak altın silsileyi devam ettirdi.

Hacegi Emkeneki hazretleri rivayete göre Hicri 1800 - Miladi 1599 yılında memleketi Buhara'de ahirete irtihal etti. Altın silsile ondan sonra Muhammed Bakibillah kuddise sırruhûyla devam etti.