Muhammed Bakibillah hazretlerinin babası Semerkand’da doğup büyümüştü. İsmi Abdüsselam Kadı Halaci idi. Annesi Ubeydullah Ahrar hazretlerinin neslinden geliyordu. Ne var ki ilahi irade onları Afganistan'da rızıklandırmıştı. Bu yüzden Muhammed Bakibillah hazretleri Kabil'de dünyaya geldi.

Muhammed Bakibillah hazretleri Kabil'de iken devrin büyük alimi Mevlana Sadık Helvai'den zahiri dersler almaya başladı. Ancak bu dersler süresince aradığı manevi huzuru bulamıyordu. Zekasıyla ve gayretiyle hocasının çok dikkatini çekti. Hocası onu devrin ilim merkezindeki alimleri görmesi ve ilmini ilerletmesi için Maveraünnehir’e götürdü.

Maveraünnehir bölgesinin maneviyatı Muhammed Bakibillah hazretlerine çok tesir etti. Zaten öteden beri içinde mana alemine bir yöneliş vardı. Bu Orta Asya ziyaretinde pek çok alim ve evliya ile tanıştı. Onlardan dersler aldı. Medrese ve dergahı bir arada gördü. Emkene köyünde Muhammed Emkeneki hazretlerini buldu. Emkene köyünü çok sevdi. Dergâhtan ayrılmak istemedi. Hacegi Emkeneki hazretlerine biat etti. Seyrüsülukunu tamamladı, mürşidinden halifelik aldı.

Muhammed Bakibillah Hazretleri Hicri 25 Rebiüleahir 1012 - Miladi 2 Ekim 603 tarihinde henüz 40 yaşındayken Delhi'de ahirete irtihal etti. Delhi'de Peygamber Efendimiz sallallahu aleyhi vesellemin ayak izini taşıyan bir yer vardı. Oraya Kademgah adı veriliyordu. Muhammed Bakibillah hazretleri vefat ettiğinde oraya gömülmeyi çok arzu ediyordu. Kademgah'a defnedildi. Burası sonradan büyük bir mezarlık oldu. Altın Silsile ondan sonra İmam-ı Rabbani kuddise sırruhûyla devam etti.